İzmir 18. Ağır Ceza Mahkemesi’nde görülen duruşmaya Babatonguz, Ayvalık’tan SEGBİS aracılığıyla katıldı. Babatonguz, “O kafenin içinde onlarca kişi vardı sadece ben yargılanıyorum. Fırat’ı tanımıyorum, Nurullah’ı orada görüyordum. Ayvalık’ta yaşıyorum. İstesem Midilli adasına yarım saatte kaçarım ama gitmiyorum” diyerek beraatini talep etti. Mahkeme Babatonguz’u, “Devletin birliğini ve ülke bütünlüğünü bozmak” suçundan ağırlaştırılmış müebbet, “Kasten öldürme” suçundan ağırlaştırılmış müebbet, “Silahlı terör örgütü faaliyeti çerçevesinde öldürmeye iştirak” suçundan 15 yıl hapis cezası vererek tutuklanmasına karar verdi. Babatonguz, kararın açıklanmasının ardından Ayvalık Adliyesi’nden kaçmaya çalıştı. Ancak polis Babatonguz’u sokakta yakalayarak Ayvalık İlçe Emniyet Müdürlüğü’ne götürdü.